Terinspirasi ensiklik Paus Benediktus XV, Maximum Illud, agar uskup-uskup lokal mendirikan seminari yang bisa menghasilkan imam-imam di daerahnya, maka Mgr. Arnold Vestraelen, SVD selaku Vikaris Apostolik Kepulauan Sunda Kecil berupaya keras mendirikan seminari. Beliau menugaskan P. Frans Cornelissen, SVD untuk memulainya di Sikka, dan kemudian memindahkannya ke Todabelu Mataloko tahun 1929.
Jadi sejak awal Seminari Santo Yohanes Berkhmans Todabelu Mataloko adalah Seminari Keuskupan yang pemiliknya adalah Uskup Agung Ende. Pengelolaan seminari ini pada mulanya dipercayakan kepada para imam Serikat Sabda Allah (SVD), tetapi pada tahun 1993 tanggungjawab pengelolaan dikembalikan kepada Keuskupan Agung Ende.
Mgr. Vincentius Sensi Potokota, di hadapan semua orangtua seminaris, dalam kegiatan Hari Orangtua Seminaris (HOS) tahun 2016 mengatakan: “Seminari ini tidak hanya lembaga pendidikan biasa, tetapi rumah pengkaderan. Seminari adalah ungkapan Gereja Katolik untuk pengkaderan dalam pemahaman luas. Itulah sebabnya ada Lima S dalam kurikulum seminari, agar para siswa kita dididik secara utuh dan integratif, dan itu adalah tanggungjawab kita semua”.